Pada awalnya warga jemaat HKBP Nazareth Sipintuangin[1] merupakan jemaat dari HKBP Tigaras. Akan tetapi karena pada tahun 1990-an jalan kabupaten yang menghubungkan kota Pematang Siantar dengan Tigaras mengalami kerusakan yang sangat parah, sehingga angkutan umum dari Pematang Siantar-Tigaras sangat jarang. Hal tersebut mengakibatkan jemaat HKBP yang berdomisili di Sipintuangin kewalahan untuk mengikuti kebaktian Minggu di HKBP Tigaras, yang berjarak kira-kira 5 Km dari Sipintuangin, sebab kendaraan umum dari Pematang Siantar-Sipintuangin-Tigaras sangat jarang (hanya ada sekali dalam 2 jam). Oleh karena itu untuk mengikuti kebaktian Minggu di HKBP Tigaras, jemaat yang tinggal di Sipintuangin harus menempuh jalan sepanjang 5 Km dengan berjalan kaki.
Melihat kondisi yang demikian, pada tanggal 18 Pebruari 1992, warga jemaat HKBP yang bertempat tinggal di Sipintuangin mengadakan rapat di rumah St. M. Naibaho. Rapat tersebut berhasil memutuskan pelaksanaan kebaktian pada hari Minggu di Sipintuangin khususnya untuk anak-anak Sekolah Minggu. Pada tanggal 23 Pebruari 1992, dilaksanakan pertama kali ibadah untuk Sekolah Minggu di Sipintuangin yang bertempat di gedung Balai Pertemuan Kantor Camat Dolok Pardamean.
Kemudian pada tanggal 12 Aril 1992, beberapa warga jemaat mengadakan rapat di rumah St. M. Naibaho, pada saat itu keluarga St.G. Sitanggang memberikan tanah seluas 1600 M², untuk lokasi pembangunan gereja. Pada tanggal 21 Juni 1992, gereja HKBP berdiri di Sipintuangin dengan ukuran 7 x 14 M. Selanjutnya pada tanggal 22 Juni 1992 dilaksanakan pertama kali ibadah minggu di gereja tersebut yang dipimpin loleh Pdt. Antonius Simanjuntak (pengkhotbah) dan St.G.S. Tambunan (liturgis), dan hari juga itu dijadikan sebagai hari berdirinya HKBP Nazareth Sipintuangin. Pemberian nama Nazareth berhubungan dengan kota kecil di Galilea yang merupakan kota asal Yesus, dan Sipintuangin sejalan dengan nama kampung (huta) tempat berdirinya gereja tersebut.
Sebagaimana yang telah dijelaskan di atas gereja HKBP Nazareth Sipintuangin telah berdiri pada tanggal 22 Juni 1992. Pada saat itu, anggota jemaat gereja ini berjumlah 20 KK dengan 2 orang penatua, yaitu St. J. Naibaho dan St. G.S. Tambunan sebagai uluan ni huria sampai saat ini. Dengan berbagai usaha dari segenap parhalado dan jemaat, pada tanggal 24 Oktober 1993, gereja HKBP Nazareth Sipintuangin manjae (mandiri) dari gereja HKBP Tigaras. Artinya gereja HKBP Nazareth Sipintuangin bukan lagi bagian dari gereja HKBP Tigaras, akan tetapi gereja ini telah mandiri dan resmi sebagai salah satu huria (pagaran) yang berada di Resort Simantin Distrik V Sumatera Timur. Pada tahun 2005 gereja HKBP Nazreth Sipintuangin menjadi salah satu huria (pagaran) dari HKBP Resort Marturia Tigaras.
[1] G.S. Tambunan, Sejarah Berdirinya HKBP Nazareth Sipintuangin, ditulis dalam rangka ulang tahun 2 windu HKBP Nazareth Sipintuangin, 2008, Stensilan.
